(主に)大脳基底核 （リンク）の異常によって起こると考えられています。
しかし，原因が不明なものが多くあるとされています。

原因が同定(決定)できないものを本態性ジストニア，脳性麻痺，脳卒中，脳炎，先天性代謝異常などの後遺症として起こるものを二次性ジストニアと言います。

あるいは，症状が全身の筋肉が異常に動く全身性ジストニアと局所筋緊張の異常による局所ジストニアに分類されます。

東京地裁　平成２１年３月３１日判決（控訴中）
事件番号　平成１７年（ワ）第７０６２号　損害賠償請求事件
＜出典＞　自動車保険ジャーナル・第１７９３号（平成２１年７月３０日掲載）

(1)ジストニア発症について
症状は，中心性脊髄損傷ではないことが認められる。
しかし，他方，鑑定の結果によれば，原告には，筋緊張の亢進と異常姿勢が認められることから，上記症状はジストニアであることが認められる。
そして，そもそも有していたジストニアの疾病素因が，本件事故を契機として発症したものと認めるのが相当である。
(2)原告の後遺障害の程度
原告の高次脳機能障害の症状の程度は，５級２号又は３級３号に相当するというべきである。
そして，左顔面から頸部にかけての不随意運動，構音障害・構語障害，左上下肢から頸部の筋緊張の亢進と異常姿勢及び運動障害等のジストニアの症状も併せると，原告の後遺障害の程度は，後遺障害等級併合２級に相当するというべきである。

(3)ジストニアによる素因減額（寄与度）
ジストニアによる症状は，そもそも有していたジストニアの疾病素因が，本件事故を契機として発症したものと認められることから，損害の公平な分担という見地から素因減額をするのが相当である。
もっとも，高次脳機能障害のみの後遺障害等級が５級２号又は３級３号に相当することを考慮すると，素因減額の割合は２割とするのが相当である。

本件事故によりジストニアを発症したものとして，高次脳機能障害にジストニアによる身体性機能障害を加えて併合２級としました。
しかし，ジストニアの発症については素因も影響したとして，素因減額として２割を相当としたものです。

鑑定では，ジストニアの発症メカニズムについて次のように述べています。
「本件事故後のＣＴやＭＲＩ画像上，基底核や視床を含め大脳には異常は認められず，ＳＰＥＣＴでも基底核や視床には血流の低下は認められないから，原告のジストニアの症状は，大脳の損傷によるものとは考えにくい。

他方，原告は，本件事故後長期にわたり強い頭痛，頸部痛，背部痛，腰痛等を訴えていたことから，脳損傷以外に体の各所（末梢）に直接，間接に障害が起きていたことが考えられ，本件事故後持続する疼痛が認められた近くの部位にジストニアが起きた可能性がある。
そして，原告には遺伝素因はないが，ジストニアの認められる範囲は局所の疼痛部位のみに限局していないことから，原告にはジストニアに対して特殊な中枢性の感受性といったものと想定せざるをえない。
したがって，原告には，ジストニアの疾病素因が存在していた可能性が高く，本件事故が契機になって発症したものと考えられる。」

原因としては，脳損傷は否定して，「特殊な中枢性の感受性といったものと想定せざるをえない。 」ことを挙げております。